Trong trường hợp đó, doanh nghiệp nên thảm khảo Thông tư mới nhất bộ tài chính Thông tư 38 /2015/TT-BTC  để tìm ra phương án giải quyết hợp lý nhất. Điều 20 . Khai bổ sung hồ sơ hải quan 1. Các trường hợp khai bổ sung: a) Người khai hải quan được khai bổ sung hồ sơ hải quan sau khi Hệ thống phân luồng tờ khai nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan thực hiện việc kiểm tra trực tiếp hồ sơ hải quan; b) Người khai hải quan, người nộp thuế xác định có sai sót trong việc khai hải quan thì được khai bổ sung hồ sơ hải quan trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan nhưng trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra; c) Người khai hải quan, người nộp thuế phát hiện sai sót trong việc khai hải quan sau thời điểm cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa nhưng trước khi thông quan thì thực hiện khai bổ sung và bị xử lý theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính; d) Quá thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan hoặc sau khi cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra, người khai hải quan, người nộp thuế mới phát hiện sai sót trong việc khai hải quan thì thực hiện khai bổ sung và bị xử lý theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính; đ) Người khai hải quan thực hiện khai bổ sung theo yêu cầu của cơ quan hải quan khi kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa và bị xử lý theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính. Việc khai bổ sung theo quy định tại điểm b, điểm d khoản này chỉ được thực hiện đối với hàng hóa xuất nhập khẩu không thuộc Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng quản lý chuyên ngành, Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo giấy phép, Danh mục hàng hóa cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu, Danh mục hàng hóa tạm ngừng xuất khẩu, tạm ngừng nhập khẩu. 2. Nội dung khai bổ sung bao gồm: a) Khai bổ sung các chỉ tiêu thông tin của tờ khai hải quan điện tử, trừ các chỉ tiêu thông tin không được khai bổ sung quy định tại điểm 3 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này; đối với các chỉ tiêu trên tờ khai hải quan mà Hệ thống không hỗ trợ khai bổ sung thì việc khai bổ sung thực hiện theo hướng dẫn tại điểm 4 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này; Chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan điện tử không được khai bổ sung:

• Tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu

STT	Chỉ tiêu thông tin
1	Tờ khai nhập khẩu
1.1	Mã loại hình
1.2	Mã phân loại hàng hóa
1.3	Mã hiệu phương thức vận chuyển
1.4	Cơ quan Hải quan
1.5	Mã người nhập khẩu
1.6	Mã đại lý hải quan
2	Tờ khai xuất khẩu
2.1	Mã loại hình
2.2	Mã phân loại hàng hóa
2.3	Mã hiệu phương thức vận chuyển
2.4	Cơ quan Hải quan
2.5	Mã người xuất khẩu
2.6	Mã đại lý hải quan
Trường hợp giải phóng hàng (BP), các chỉ tiêu sau không được khai bổ sung:
1	Mã loại hình
2	Mã phân loại hàng hóa
3	Mã hiệu phương thức vận chuyển
4	Cơ quan Hải quan
5	Mã người nhập khẩu
6	Mã người xuất khẩu
7	Mã đại lý hải quan
8	Số vận đơn
9	Số lượng
10	Tổng trọng lượng hàng (Gross)
11	Phương tiện vận chuyển
12	Ngày hàng đến
13	Địa điểm dỡ hàng
14	Địa điểm xếp hàng
15	Số lượng container
16	Phân loại hình thức hóa đơn
17	Số tiếp nhận hóa đơn điện tử
18	Mã lý do đề nghị BP
19	Mã ngân hàng bảo lãnh
20	Năm phát hành bảo lãnh
21	Ký hiệu chứng từ bảo lãnh
22	Số chứng từ bảo lãnh

Chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan điện tử Hệ thống không hỗ trợ khai bổ sung:

STT	Chỉ tiêu thông tin	Hướng dẫn sửa đổi/Ghi chú
1	Tờ khai nhập khẩu
1.1	Phân loại cá nhân/tổ chức	Người khai hải quan: + Trong thông quan khai bổ sung bằng nghiệp vụ IDA01, ghi chính xác nội dung khai bổ sung trên ô “Ký hiệu và số hiệu” của tờ khai hải quan. + Sau thông quan: Người khai hải quan khai bổ sung bằng nghiệp vụ AMA, ghi chính xác tên người nhập khẩu trên ô “Phần ghi chú” của tờ khai sửa đổi. Công chức hải quan căn cứ vào đề nghị sửa đổi và phê duyệt của Lãnh đạo Chi cục để thực hiện chức năng Chuyển địa điểm giám sát trên Hệ thống
1.2	Tên người nhập khẩu
1.3	Mã địa điểm lưu kho hàng chờ thông quan dự kiến
2	Tờ khai xuất khẩu
2.1	Tên người xuất khẩu	– Trong thông quan: Người khai hải quan sửa đổi bằng nghiệp vụ EDA01, ghi chính xác tên người xuất khẩu trên ô “Ký hiệu và số hiệu” của tờ khai hải quan. – Sau thông quan: Người khai hải quan sửa đổi bằng nghiệp vụ AMA, ghi chính xác tên người xuất khẩu trên ô “Phần ghi chú” của tờ khai sửa đổi.
2.2	Mã địa điểm lưu kho hàng chờ thông quan dự kiến
3	Tờ khai nhập khẩu đề nghị giải phóng hàng
3.1	Phân loại cá nhân/tổ chức	– Trong thông quan: Người khai sửa đổi bằng cách ghi thông tin đúng vào ô “Phần ghi chú”. – Sau thông quan: Người khai đề nghị sửa đổi bằng văn bản (mẫu 03/KBS/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC)
3.2	Ngày khai báo (dự kiến)	Không phải sửa đổi
3.3	Mã địa điểm lưu kho hàng chờ thông quan dự kiến	Công chức hải quan căn cứ vào đề nghị sửa đổi và phê duyệt của Lãnh đạo Chi cục để thực hiện chức năng Chuyển địa điểm giám sát trên Hệ thống